La investigación histórica actual considera que el nuevo Palenque fue fundado por fray Pedro Lorenzo (o Laurencio) a cierta distancia de las ruinas del mismo nombre en el año de 1567. El padre dominico integró el pueblo con muchas familias choles dispersas en la selva Lacandona. Se sabe que los nativos llamaban a Palenque, Otulún palabra de origen chol que significa “Sitio cercado o fortificado”. Las famosas ruinas arqueológicas fueron descubiertas en 1740 por el cura Antonio Solís; es decir, doscientos años después de la fundación del nuevo Otulún. El 29 de octubre de 1813, se elevó el pueblo de Palenque a la categoría de Villa, mediante el decreto expedido por las Cortes de Cádiz. Con fecha 19 de diciembre de 1972 obtiene la categoría de ciudad, por decreto de Manuel Velasco Suárez, Gobernador Constitucional del Estado. Palenque fue el centro más importante de la Cultura Maya, nos referimos al antiguo pueblo, y era tan grande (7 kilómetros de longitud de Este a Oeste) que todavía no ha sido explorado totalmente.